C’est en 1920 que les Missionnaires du Sacré-Coeur fondent l’école sous le nom d’École Apostolique du Sacré-Coeur. D’abord vouée à la formation des jeunes se destinant à la vie sacerdotale et religieuse, l’École prend une nouvelle orientation en 1969. Dès lors, baptisée l’École secondaire MSC, l’institution s’ouvre aux garçons et aux filles et voit sa popularité croître de manière importante.

En 1984, l’École est vendue à une corporation sans but lucratif laïque et prend le nom du Père François Bourrin en l’honneur de celui qui en fut l’un des fondateurs. Sa ténacité, sa passion, son sens de l’engagement et de l’écoute insufflèrent à l’École les valeurs profondes telles que nous les connaissons encore aujourd’hui. Depuis l’automne 2002, l’École propose des profils de formation qui sont pour les jeunes des lieux de passion et des promesses de plaisir.

En 2021, le conseil d’administration dévoilait sa planification stratégique 2021-2025 afin de poursuivre la modernisation des installations de l’école.